Сюжет анимационного фильма «Аномализа» рассказывает историю английского писателя Майкла Стоуна, который не может найти с людьми общий язык. Несмотря на то, что Майкл является автором книг по обслуживанию клиентов, которые помогают в работе сотрудникам многих компаний, сам писатель живет в своем отдельном мире. У него нет никакого желания общаться с людьми, так как все только и делают, что болтают о ерунде, скрывая то, о чем на самом деле думают. Люди лишь притворяются, надевают маски и играют роли, а также никогда не говорят о важных вещах, поэтому Майкл предпочитает компанию самого себя.
Однако очередная деловая поездка таит большой сюрприз. Знакомство с милой женщиной Лизой, которая удивляет его своей простотой, очень сильно меняет не только мировоззрение Майкла, но и его привычный, устоявшийся образ жизни, так как Лиза совершенно не похожа на других людей и для Майкла является своего рода аномалией.